O ALEA nasceu de um projeto conjunto do Agrupamento de Escolas Tomaz Pelayo de Santo Tirso e do Instituto Nacional de Estatística, ao qual veio a associar-se a Direção-Geral dos Estabelecimentos Escolares.

O primeiro sítio do ALEA na Internet foi lançado em 1999 e os conteúdos nele disponibilizados não pararam de aumentar desde então. Esses conteúdos e o suporte da infra-estrutura do ALEA são garantidos pelos Parceiros ou por colaboradores externos.

Entre os colaboradores do ALEA, merece menção especial a Prof.ª Doutora Maria Eugénia da Graça Martins, professora jubilada da Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, que assegura a supervisão científica do ALEA e tem desenvolvido alguns dos seus conteúdos com maior destaque, nomeadamente os cursos de "Noções de Estatística", "Noções de Probabilidades", "Inferência Estatística" e "Organização e Tratamento de Dados" (elaborado segundo o programa oficial do ensino básico).

Os Encontros ALEA, destinados a docentes, iniciaram-se em Março de 2003. A este tipo de ações externas sucederam-se os Fóruns e-Estatística, de âmbito mais alargado.

Em Dezembro de 2003, realizou-se o primeiro curso no formato de e-learning, ao qual outros se seguiram.

Em 2007, surgiu uma versão parcial do sítio em língua inglesa.

Também em 2007, o ALEA recebeu o prémio "Best Cooperative Project Award" – atribuído pela primeira vez – no quadro do International Statistical Literacy Project (ISLP), cujo objetivo é promover a literacia estatística em todos os países do mundo. O ISLP é um projeto da IASE – International Association for Statistical Education – que constitui a secção do ISI – International Statistical Institute – vocacionada para a educação.